毛泽东呷了口茶，又问：“修了支流水库，做好水土保持能用多少年？”
　　 “用1000年是可能的。”王化云是极力主张修大水库的，他很希望毛泽东此时能拍板定下来。
　　 但毛泽东在大事上是谨慎的，在没有弄清利弊关系之前，他不会轻易拍板。他的提问却使王化云始料不及。毛泽东问：“那么1050年怎么样呢？”
　　 “这……”王化云搔起头发，脸上红了一下：“到时候再想办法。”
　　 毛泽东发出一种胜利者的笑声：“恐怕不到1000年就解决了。”他抽着烟，思路又回到现实，问：“三门峡水库定了没有？”
　　 王化云回答：“还没有定。”
　　 毛泽东：“三门峡水库有四个方案，你认为哪个最好？”
　　 “修到360米这个方案最好。”
　　 “那么多移民往哪里移？”
　　 “有的主张往东北移，那里土地肥沃，地广人稀；有的主张往海边或者绥远移；有的则主张就地分散安置，不一致。”
　　 “你主张移到哪里？”
　　 “移到东北去，对工农业以及国防都有好处，就是多花点钱我也主张移到东北。”
　　 毛泽东将视线移到图纸上，盯着三门峡的位置看了许久，说：“我再问你，三门峡水库修好后，黄河能够通航到哪里？”
　　 王化云回答：“能通航到兰州。”“兰州以上能不能通航？”“目前还没有考虑。”
　　 毛泽东再次陷入沉思……
　　 在周恩来的日程表上，有一项经常性的工作就是黄河治理问题。他的策略是把黄河大堤加高加厚，以治标辅助治本。1950年政务院讨论治淮工程时，有人就提出为何不同时治长江、黄河、汉水？周恩来说，原因是淮灾最急，而要治黄也不是那么容易，要有更大的计划，不是一年内勘测得清楚的。我们现在做任何一件事，必须要有材料，没有材料，盲目干就会出乱子。他还举了过去解放区有一位热心人在河北平原修运河，修到中间遇到沙滩而不得不半途而废的故事，说明没有充分的材料是不好随便下手的，需要知识，需要材料，需要勘察，需要统计，需要技术，总起来说需要时间。
　　 1952年3月29日，他写信给毛泽东并其他领导人，请他们审阅批准1952年的水利工作决定。1953年是我国由经济恢复阶段走向第一个五年计划建设的第一年。苏联政府援助我国建设的156个项目的主要部分正在磋商。在水利部和黄河水利委员会的要求下，经周恩来与苏联政府商谈，决定将根治黄河列入苏联援助项目。1954年1月，以苏联电站部列宁格勒水电设计院副总工程师柯洛略夫为组长的专家组来华。他们在研究了中国各方面准备的基本资料后认为，现有材料已具备编制《黄河综合利用规划技术经济报告》的条件。2月至6月，中苏专家120余人，行程1.2万公里，进行黄河现场大查勘。苏联专家肯定了三门峡坝址。柯洛略夫说：“任何其它坝址都不能代替三门峡为下游获得那样大的效益，都不能像三门峡那样能综合地解决防洪、灌溉、发电等各方面的问题。”
　　 全国人大一届二次会议后，周恩来具体负责三门峡工程机构的组建工作。当时，撤销了燃料工业部，分别成立煤炭、电力、石油部。成立三门峡工程局，首先遇到的是这个局究竟是姓“水”还是姓“电”，即由水利部领导还是由电力工业部领导的问题。因苏联未设水利部，所以按苏联专家的意见，三门峡水电站应属电力工业部。再说三门峡水电站归根结底是要发电的，是两个五年计划中规模最大的电力工程，电力工业部在改建小丰满水电站中已经培养了一支不小的施工队伍，三门峡应该姓“电”；而水利部的意见也不能说没有道理，他们亮出的一张王牌是，建国后的全国重大水利工程都是在水利部领导下进行的，经验自不待言，技术力量也很整齐，虽说水电站最终是要用来发电的，但建造水电站，首先要制服水，没有水，哪来电？三门峡应该姓“水”。两“兄弟”争论不休，“官司”又要周恩来来判决。为此，周恩来于1955年11月2日主持国务院常务会议，专门研究了两部的意见。12月1日，他打报告给毛泽东及中央，指出：必须集中两个部的技术力量和建设经验，共同负责，通力合作，各有关部门也必须大力支持……如果存有任何单干的思想则是错误的。他认为苏联不设水利部的体制不适宜中国，因为中国的河流很多，防洪、灌溉等水利工程的工作量极为繁重，而且考虑到电力工业的发展趋势，在第三个五年计划之后，水力发电比重将会超过火力发电，水电与火电的建设工作今后势必由两个部门分别管理；因此，水利部不仅现在有必要存在，将来除了农田水利外，作为水电工作的领导部门也是需要的。他建议，在黄河规划委员会的领导下，由两部共同负责，并吸收地方党委参加组成三门峡工程局，统一领导三门峡的设计施工工作。局长、副局长应该是专职干部，建立首长负责制；为着加强政治领导，工程局不应该受河南省委的领导。周恩来根据两部党组的干部配备方案，拟调湖北省长刘子厚任局长，黄委会主任王化云、电力工业部发电建设总局副局长张铁铮、河南省委委员齐文川任副局长。12月6日，国务院批准了以上任命。来年1月初，三门峡工程局在北京开始办公。7月2日，周恩来同三门峡工程有关部门和地方的同志谈话，7月3日，他接见了三门峡工程苏联设计专家。7月27日，三门峡工程局移驻三门峡工地。1957年4月13日，三门峡水利枢纽工程隆重剪彩开工。水利部、电力工业部在建国后曾有过分合的历史，在三门峡开工前，水利部曾正式提过意见，将水电总局合并到水利部，国务院没有同意，仍决定三门峡工程由电力、水利两部共同负责。因此，南宁会议上才作出两部合并的决定，以求两者矛盾在一个部门内部协调解决。人们说，在这以前的六七年中，水电建设的处境确实是相当困难的，如在夹缝中生长。
　　 三门峡的矛盾还是不少。
　　 当时三门峡的主体设计都委托给了苏联专家，设想思想是对黄河泥沙采取拦蓄为主的方针，首先以三门峡巨大的库容拦蓄，同时大力开展水土保持，以此来减少泥沙来源，从而维护干支流水库的寿命。根据这个设想，三门峡的设计蓄水位是海拔360米，相应库容647亿立方米，水库回水末端到达西安附近，关中平原需要大量移民。对这个设想规划，主要是对三门峡水库的淤积问题引起一系列争论。一开会，或者是几方面人士碰面，一提到三门峡，就有人说：“这个水库很快地淤死了，那么还有修的必要没有呢？”
　　 “怎没必要？”反对者说，“可以把坝再提高一下嘛，所谓兵来将挡，水来土掩！”
　　 又有人摇头：“不是不是。就是把全部泥沙都放下去，不发电，不灌溉，只要将洪水拦一下，然后再放出去不就挺好嘛！”
　　 ……直到开工了，争论还在继续。陕西的同志要求重新商议设计方案。